2019年7月，厦门市海洋国际合作中心定编成立，为厦门市海洋发展局所属的事业单位，加挂在厦门南方海洋研究中心秘书处，主要承担对外海洋合作与发展、海洋国际交流活动、对外海洋产业合作、海岸带综合管理国际合作项目等海洋国际合作交流工作。

2020年11月，在2020厦门国际海洋周开幕式暨海洋发展大会上，自然资源部与厦门市人民政府签署《关于合作共建厦门市海洋国际合作中心的框架协议》，双方共建厦门市海洋国际合作中心，进一步整合在厦海洋国际合作资源，打造具有重要国际影响力的合作交流平台；加强海洋国际合作机制建设，积极引领区域海洋可持续发展；策划组织实施海洋国际合作计划和项目，提升国际合作能力和水平；提供海洋合作公共产品，增强在区域海洋治理中的话语权和引导力。